如何促进和鼓励民营企业提高研发投入水平，对于增强我国自主创新能力、转变经济增长方式至关重要。考虑到制度环境对企业研发决策的重要影响，本文利用世界银行2005年对我国120个城市6826家民营企业的调查数据，深入考察了民营企业所处地区的产权保护水平和融资约束程度对其研发投入水平的影响。在控制了企业特征、企业家特征、行业等因素后，研究发现：民营企业所处地区产权保护水平的提高和融资约束程度的降低无论是对于促进我国民营企业参与研发活动还是提高其研发投入强度均有显著积极影响。进一步分析表明，上述影响总体上对中小企业更为显著。这意味着，若想促进民营企业提高研发投入水平，一方面需要政府加强产权保护以营造激励创新的报酬结构；另一方面，也需要政府放松金融管制、鼓励金融创新以进一步缓解民营企业研发活动面临的融资约束。