设立自由贸易试验区是我国在经济新形势下实施的重要政策。自贸区在发展过程中存在时空异质性：时间异质性体现在各自贸区成立时间不同，发展水平不一；空间异质性表现为自贸区在经济水平、产业结构和要素吸引力等方面存在空间差异，因此各自贸区发展方向和功能定位不同。根据自贸区建设方案，将其功能定位归纳为四类，分别是以资源支持行业、研发投入行业、航运物流业、现代商贸业为重点发展行业的自贸区。为促进自贸区发展，金融支持作用不可忽视。基于自贸区发展的时空异质性，针对其功能定位提出差异化金融支持对策，并进一步强调自贸区金融的联动合作，以期为自贸区发展注入新的动力。